微波小食品殺菌設備是通過微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。微波殺菌設備的熱效應主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應則使用微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波小食品殺菌機的殺菌溫度低于常規方法，一般比較，常規方法殺菌溫度要在100度以上，時間要在十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌溫度僅在70至90度，時間約為幾分鐘。

通過微波殺菌處理后的小食品的保質期可延長3~8倍，不破壞原有的營養成份、色澤、口感和天然風味。與其它干燥、殺菌、解凍設備相比，可縮小占地面積、降低能耗30%~100%。而且不生產“三廢”污染。

微波小食品殺菌設備還可應用于對其它食品的殺菌處理，例如：瓶裝食品、真空包裝食品、熟食殺菌機、鹵肉、粉狀食品、營養粉、芝麻糊、藕粉、調味食品、豆腐乳、辣椒醬、甜面醬、罐頭食品、罐頭飲料等等。

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